根据规定，出口退税申报按照每个报关单项号在出口明细申报表中编制一条关联号，B商品和C商品在不同的项号下，虽然适用不同的出口退税政策，但是不会互相影响。B商品，我们可以单独申报出口退税；C商品，适用出口免税政策，只需要填写增值税纳税申报表，不需要到电子税务局出口退税系统中进行操作，将出口货物报关单、合法有效的进货凭证等留存企业备查即可。

小诺建议：

B商品与C商品由于适用出口退税政策不同，建议企业在进货环节要求供应商将两种商品所对应的进货发票分开开票，以便于退税申报时报关单和发票配单。

在出口环节，如需开具出口外销发票，则也建议将B商品和C商品分别开具出口外销发票。